L'organo proviene dalla Collegiata di Castiglione Olona per la quale venne costruito a la fine del cinquecento e l'inizio del secolo successivo (si conservano all'interno dello strumento un consistente numero di canne, cinquecentesche, seicentesche, del ripieno e dei flauti attribuito a Benedetto Antegnati.). Non si conosce il nome del costruttore, ma lo strumento è stato rifatto nel corso del XVIII sec. da G.B. Biroldi. Successivamente l'organo ha subito interventi da parte di Gaspare Chiesa (1833), Angelo Melzi (1838), Natale Morelli (1843). Il trasferimento a Domo è opera di Giovanni Mentasti (1872).

Volendo fare un cammino a ritroso e ricercare la data di costruzione dell'organo, l'originale, possiamo affidarci alle visite pastorali. Su un libro del Cazzani su Castiglione Olona, si desume che il primo organo inserito nella Collegiata di quel paese fu costruito tra ilo 1582 e il 1646. San Carlo, infatti, nella sua visita del 22-25 luglio 1570 annotava che non vi era l'organo ed a seguito di ciò mons. Bernardino Terugi, successivo visitatore, esortava nel 1582 i Nobili Castiglioni per provvedere in proposito. Dello strumento ne accenna poi indirettamente il card. Cesare Monti nelle sue "Ordinationes" della Visita Pastorale del 1646, proibendo il versamento di una qualsiasi mercede all'organista. Sulla cassa che racchiude l'organo è stata trovata, sotto uno spesso strato di vernice, una data: 1631, incisa, a prova che la cassa era già esistente in quell'anno.

Il primo documento che attesta le trattative per "l'organo vecchio" in questione è una risposta, datata 3 dicembre 1871, dalla Fabbriceria di Castiglione Olona inviata al parroco di Domo, De Giorgi, nella quale si comunicava la disponibilità alla vendita dello strumento.

L'organo venne a costare inizialmente Lire 575, pagate in due rate, rispettivamente di Lire 300 e di Lire 275 e Lire 25 pagate a Giovanni Mentasti per coprire le spese di asportazione delolo strumento. Il contratto di vendita è datato 11 gennaio 1872. Contemporaneamente alla stesura del contratto il Mentasti presentava un preventivo di restauro con la descrizione delle opere da farsi e relative spese.

Ecco la scheda tecnica:

Situato in cantoria sopra l'ingresso principale. Racchiuso in elegante cassa sei-settecentesca nella quale sopravvivono elementi rinascimentali, presenta un prospetto in tre campate di 15 - 9 - 15 canne disposte a cuspide del Principale bassi (n. 24) e della Voce umana soprani (n. 15). Tastiera di 54 tasti (Do1 - La5), prima ottava scavezza, spezzatura RE# - MI. L'andamento delle bocche è opposto alla cuspide, il labbro superiore è a mitria. Pedaliera ottocentesca a leggio di 17 più 3 pedali, O/MI cromatica, 12 suoni reali, costantemente uniti alla tastiera. Il 18° pedale comanda la Terzamano. gli ultimi due sono staccati. Consolle a finestra, registri a manetta disposti su due file a destra dell'organista.

E' stato restaurato in senso filologico nel 1991 dalla famiglia Mascioni di Cuvio sotto il controllo della Commissione per la tutela degli organi artistici.

Per oltre vent'anni a Domo, a cura della Biblioteca Comunale, si è tenuta una importante stagionemusicale della quale si è celebrato il ventennale nel 2010.

Dal 2014 l'iniziativa "Musica a Domo" è stata sospesa.

Ogni domenica lo strumento accompagna la liturgia, grazie alla collaborazione ormai trentennale dell'organista Gabriele Benni e di altri giovani organisti.